Yn [[1382]] wurdt Münster rekke troch de [[Pest|pest]] mei tûzenen deaden fan gefolgen. Yn [[1383]] baarnt in grut part fan de stêd op yn de slimste brân sûnt [[1197]]. Noch alle jierren wurdt yn Munster de ''Grosse Prozession'' hâlden ta oantins fan dizze twa needlotsjierren<ref>{{aut|[[Jan Buisman|J. Buisman]]}}, [http://books.google.nl/books?id=gJQNUQGWHekC&pg=PA289&dq=Buisman+Munster+noodlotsjaren ''Pest en brand in Münster'' - 1382/3]</ref>.
Yn [[1534]] ferjoegen de wer[[anabaptisme|dopersken]] de doetiidske [[biskop]] [[Frans fan Waldeck]]. ToenDoe't zijsy de macht inyn handenhannen haddenkrige gekregenhiene, verspreiddewaard zichder het berichtgrute dat MünsterMunster it [[Nije Jeruzalem]] wie. De nije lieder fan de stêd, [[Jan Matthijs]], stondwoe alleenallinnich toehawwe dat [[Doop (sakramint)|gedooptedoopte]] [[WedergeboorteWerberte (christendomkristendom)|wedergeborenenwerbernen]] zichharren vestigdenyn inMunster Münsterfestigen; zij diewa't dat nietnet warenwiene werdenwaarden verdrevenferdreaun. De verdrevenbiskop bisschoporganisearre steldein een nieuwnij leger samenmei metstipe steunfan van zowelsawol [[Protestantisme|protestanten]] als deas [[Roomsk-katolike Tsjerke|katoliken]] en belegerdebelegere de stadstêd. InWilens Münsterradikalisearre zelfde radicaliseerdebeweging deyn bewegingMunster. [[Jan vanfan LeidenLeien]] werd uiteindelijkwaard de leideroanfierder en stelde gemeenschapgemienskip vanfan goederen en [[polygamy]] inyn. EenIn jaarjier laterletter ([[1535]]) vielfoel de stad, en hielden de troepen van de bisschop wreed huisstêd. Jan fan Leien werdwaard terechtgesteldterjochtsteld. en aanOan de [[Sint-Lambertustsjerke (Münster)|Lambertustsjerke]] hangthinget nognoch steedsaltyd de kooikoai waarinwêr't zijnsyn lyk werdyn útstald tentoongesteldwaard.
De [[Frede fan Münster]] en [[Frede fan Osnabrück|Osnabrück]] yn [[1648]] makke fan Munster in ûnôfhinklik bisdom: it gebiet bleau dêrtroch roomsk-katolyk. EenIn anderoar belangrijkwichtich onderdeelûndddderdiel vanfan de VredeFrede vanfan MünsterMunster waswie deit beëindigingbeëinjen vanfan de [[Tachtichjierrige Oarloch]] en de erkenning vanfan de onafhankelijkheidûnôfhinklikens vanfan NederlandNederlân doortroch Spanje. InYn [[1672]] vielfoel MünsterMunster onderlaat leidingfan van bisschopbiskop [[Christoph Bernhard von Galen|Bernhard von Galen]] de [[Republyk derfan ZevenSân VerenigdeFeriene NederlandenNederlannen]] binnenyn. Yn [[Grins (stêd)|Grins]] wurdt noch alle jierren de oerwinning op de biskop fan Münster ("Bommen BerendBearend") betocht, mei it [[Grinzer Untset]].
Yn [[1802]] waard Münster ferêvere troch de [[Prusen]] en ta haadstêd fan [[Westfalen (provinsje)|Westfalen]] makke. Under de [[Twadde Wrâldoarloch]] waard Munster foar it grutste part ferwoastge troch [[Alliëarden|alliëarde]] bombardeminten, mar nei de kriich waard Münster op'en nij yn âlde styl boud.
