De stêd waard stichte yn de [[13e ieuiuw]] en koe him earst goed ûntjaan nei it útinoar fallen fan it [[Hânze]]-ymperium. Tusken 1460 en 1864 wie it ien fan de meast wichtige havens fan Denemark. Yn de [[Twadde Dútsk-Deenske Oarloch]] fan 1864 waard de stad ferovere troch [[Prusen]]. Yn 1867, by de ferkiezings foar de Noard-Dútske Ryksdei, liet de stêd in Deenske mearheid sjen. Oant it lêste diel fan de 19e ieuiuw wie Flensboarch noch de grutste stêd fan Sleeswyk-Holstein, grutter as [[Kiel]]. Yn 1920, nei de ein fan de [[Earste Wrâldkriich]], waard in referindum holden oer de takomstige yndieling fan it eardere [[Hartochdom Sleeswyk]]. Yn Flensboarch stimde 75% fan de ynwenners foar Dútslân, dêrmei waard de grins benoarden de stêd fêstlein.
Flensboarch wie de lêste dagen fan de [[Twadde Wrâldkriich]] de sit fan it Dútske regear; sjoch ek [[Flensboarchregear]].
