De abdij waard mei de brek mei Rome en ynfiering fan in nasjonale [[Protestanten|protestantske]] tsjerke ûnder [[Hindrik VIII fan Ingelân|Hindrik VIII]] lykas alle oare kleasters en abdijen yn it lân ophefdopheft. De katolike keninginne [[Marije I fan Ingelân|Marije I]] joech de abdij werom oan de muontsen, mar fan har suster en [protestanske opfolger [[Elizabeth I fan Ingelân|Elizabeth I]] moasten de muontsen de gebouwen wer en no foargoed ferlitte. Elizabeth ferliende de tsjerke yn 1579 de tsjerke de status fan ''royal peculiar''; in tsjerke dy't streekrjocht ûnder de ferantwurdlikens fan de foarst en net ûnder dy fan de aartsbiskop fan Canterbury kaam te fallen en makke der de ''Collegiate Church of St Peter'' fan, in net-katedrale tsjerke mei in kapittel fan koarhearen ûnder lieding fan in dekaan dy't troch de Kroan beneamd wurdt. De tsjerke hie slim te lijen ûnder de turbulinte jierren 1640, doe't [[puriteinen]], mar profitearre yn de tiid fan de [[Mienebêst Ingelân|Mienebêst]] fan de beskerming troch de Steat. [[Oliver Cromwell]] krige yn de tsjerke yn 1658 noch in grutte begraffenis yn de tsjerke, mar waard yn 1661 opgroeven en postúm ophinge oan 'e galge by [[Tyburn]], it plak dêr't misdiedigers ophongen waarden.
[[File:London UK Interior-of-Westminster-Abbey-02.jpg|thumb|left|''Ynterieur'']]
==== 18-19e iuw ====
De twa westlike tuorren waarden tusken 1722 en 1745 troch de arsjitekt [[Nicholas Hawksmoor]] fan stien út Portland boud en binne in ier foarbyld fan in [[Neogotyk|neogoatysk]] ûntwerp. De muorren en de flierren fan de Westminster Abbey waarden mei Purbeck-moarmer belein, ek al binne de ferskate tombes fan ferskillende soarten moarmer makke. Fierder waard yn de 19e iuw in restauraasje útfierd troch [[George Gilbert Scott]].
